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以高柱头外露率的50S作母本，低柱头外露率的三系粳稻保持系连B作父本杂交，种植F2群体，调查单株调查柱头外露率，分析表明群体柱头外露率值接近正态分布；以SSR标记建立了该群体的基因分子连锁图谱，使用该群体分子连锁图谱进行柱头外露率的QTL分析，共检测到3个控制水稻柱头外露率的QTL（qPES-3，qPES-9，qPES-12），分别位于第3、第9、第12染色体，其增效基因均来自50S。并对选育高柱头外露率粳稻保持系进行了探讨。