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本文从国家创新系统角度，以国家利益为主导，通过收集2008-2010年28个省市的面板数据，建立集中决策环境下两阶段DEA效率评价模型，分别计算出整个创新系统的效率和子系统效率，并对整个创新系统进行效率评价。研究结果表明，从整个国家创新系统来看，区域经济发展不均衡造成各省市技术效率和微观经济效率不平衡，从而导致整个宏观科技政策实施绩效水平不高。最后，根据各阶段子系统特点，建立效率矩阵模型，明确各省市科技政策“未消化”的阶段，为下一步改进提供依据和建议。