浮游微生物作为分解者在城市水生生态系统发挥重要作用，但外界环境变化显著影响其在污染物降解和转化过程的作用。以高度人工化的北运河为研究区域，利用16S rRNA高通量测序结果分析了浮游微生物群落结构的季节变化，以揭示以再生水为主要补给水源的城市河道浮游微生物多样性季节变化机制及其与环境因子的响应关系。结果表明，浮游微生物群落多样性和群落结构组成存在显著的季节变化。季节性降雨和再生水补给物理扰动过程引起的水体扩散能力增强是夏季α多样性显著高于春季的直接原因，同时减弱了夏季浮游微生物群落多样性空间分化程度。季节性径流和温度是影响高度人工化城市河道水文水质季节变化的主要原因，由于季节性径流和温度变化引起的NO2--N和TP变化是河道浮游微生物多样性变化的主要原因。春季季节性断流导致的北运河水体还原性状态，使得春季水体中富集的细菌大都为厌氧菌，如与溶解性有机物降解有关的拟杆菌门（Bacteroidetes）和与反硝化过程有关的纤细菌门（Gracilibacteria）等。而夏季季节性径流和频繁降雨以及河道闸坝、闸门开闭频率增高引起的水体复氧能力增强，一方面显著缓解河道营养物质污染，另一方面使得夏季水体中富集的细菌大多为好氧菌或兼性厌氧菌，如具有嗜高温特性的蓝藻（Cyanobacteria）和绿弯菌门（Chloroflexi）等自养微生物，以及在污染物降解转化过程中有重要作用的酸杆菌门（Acidobacteria）和芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）等。研究结果对以再生水为补给水源的城市河道污染治理和生态修复有实际指导意义。