针对社会各界对转基因食品提出的种种质疑，“杂交水稻之父”袁隆平表示，对转基因食品不能一概而论，对抗病虫的转基因品种，在推广时应持慎重态度。
　　袁隆平说，通过转基因技术，人类可以获得更符合自己要求的品质好、产量高、营养丰富和抗病虫强的优良品种，但也可能会造成生物遗传基因污染。
　　“如，毒蛋白基因对于防虫效果非常好，但是人们担心它对人体健康会产生不利影响。”袁隆平表示这种担心是有道理的，国家对这一问题也很慎重，到现在抗病虫转基因品种并没有放开生产市场，仍处于试验阶段。但是我们不能将转基因食品一棍子打死，认为转基因食品都是坏的，有部分转基因食品并没有毒性，不能一概认为都有问题。
　　袁隆平说，水稻和小麦属于碳3植物，玉米、甘蔗属于碳4植物，后者的光合效率要比前者高30%~50%，现在我国已将玉米的碳4基因转移到水稻上，以提高其光合效率。“这样的转基因品种，我认为就不存在食品的安全问题。”
　　他还说，利用生物技术开展农作物育种是今后的发展方向和必然趋势，转基因技术是分子技术中的一类，因此必须加强转基因技术的研究和应用。对转基因食品，特别是可直接食用的转基因品种应持科学慎重的态度，但也不能简单拒之。由于转基因食品存在潜在风险以及基因污染、增殖、扩散及清除途径不确定等因素，一旦转基因生物出了问题，根本无法控制，谁也担不起责任。而转基因食品对人体是否有害，需要非常长的时间来考察，至少需要两代人才能得出结论。
　　袁隆平坦言，公众对转基因作物之所以存在顾虑，主要是有些转基因作物特别是抗病虫的转基因品种，其基因来自一种细菌中的毒蛋白。由于虫子吃了毒蛋白会被毒死，因此长期摄入该物质对人体是否有害，很难说。“现在的实验都是通过小白鼠做的。但人是人，鼠是鼠，对白鼠没有危害，对人就不一定没有危害，人与鼠的机体是不一样的，所以对一些抗病虫的转基因食品要慎之又慎，要做好系统的安全评价。”