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农业生态系统长期试验已成为研究农业生态系统生态过程、环境效应和调控措施的重要手段。在综合国内外农业生态系统长期试验发展概况的基础上，分析了长期施用化肥和有机肥对土壤肥力及农作物产量、土壤微生物活性及微生物多样性的影响，阐明了长期施肥在土壤温室气体排放、土壤重金属积累及其迁移转化过程等相关环境问题中的作用。