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农业灌溉在提高农业抗灾能力、促进农业发展、改善人民生活中都发挥了十分重要的作用.但同时,灌溉打破了原有水量平衡、水土平衡、水沙平衡和水盐平衡.造成的负面效应有：水污染加剧对物理系统、生物系统（动植物和人类健康等）产生负面影响;水资源短缺降低了历史文化景观价值,对社会系统产生负面影响.应加强流域和区域灌溉水源统一调度,协调灌溉用水和生态环境用水的关系,大力发展节水灌溉,加强灌溉工程运行管理,减小农业灌溉负效应。