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从基础物理现象出发。讨论了蛋白质的运动特点，提出了动态概念，据此分析了蛋白质折迭的物理学过程，并规范出蛋白质运动的３个原则：均一化原则，最大动态自由度原则和拓扑结构原则。结合生物学研究，提出蛋白质的生物化学三原则：选择原则，最低限度原则和协合性原则，相当部分生物学现象及蛋白质知识均可在此理论系统内得到解释。