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科克萨依矿床属于区域动力变质热液型金矿。金的赋存形式多样,状态复杂,主要以不规则粒状自然金的形式赋存在石英颗粒裂隙处(裂隙金,51.59％)、石英晶粒间、黄钾铁矾矿物颗粒间、黄铁矿颗粒周边。自然金常附着在残缺细微粒黄铁矿、毒砂的表面。金还与少量的方铅矿、铜蓝伴生,以被包裹的不规则小滴状产出。另外自然金还以鳞片状薄膜状附着在石英脉与绢云母绿泥石片岩的接触面上。