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医院科室核算的方式取决于医院经济管理的模式，其积极作用在于调动了职工的积极性，提高了医院的经济效益和社会效益，改善了医疗条件。医院科室核算洽面、不成熟的特点，决定了医疗成本难以得到合理补偿，科室的间接费用难以划清，科室核算的难点和问题分析说明宏观环境与医院（微观）改革不配套。所以要从宏观与微观上采取相应的对策，来完善医院科室核算。