本文将农业碳排放纳入到农业经济核算体系之中,构建含有期望产出与非期望产出的DEA-Malmquist效率指数,在系统测算农业碳排放的基础上,对2000-2011年中国31个省(市、区)的农业碳排放效率变动趋势进行了测度,并分析了农业Malmquist碳排放效率指数及其分解指数的省域差异及变动趋势。结果表明:①农业碳排放效率变动存在省域差异,内蒙古、北京、黑龙江、吉林等24省区农业碳排放效率处于提升状态,其余7省区呈下降趋势;②三大地区农业碳排放效率指数的主要贡献因素存在较大差异,东部地区主要源自技术进步的推动且农业碳排放效率不断改善;中、西部地区主要依赖于技术效率的改善但波动性较强;③在农业碳排放效率变动的影响因素上,产业结构、耕地面积构成情况及农业受灾程度对农业碳排放效率有显著负向作用;对外开放程度、劳动力文化水平与农业碳排放效率呈显著正相关。