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珊瑚藻是珊瑚礁生态系统中重要的功能性群体。2010年通过水肺潜水分析了三亚珊瑚礁区的珊瑚藻种类组成和丰度,以及群落空间特征与环境因子的关系。共鉴定出3科10属25种珊瑚藻,其中珊瑚藻科占优势地位。三亚珊瑚礁区的珊瑚藻优势种分别为叉节藻 Amphiroa ephedraea、拟中叶藻 Mesophyllum simulans、串胞新角石藻 Neogoniolithonfosliei、中叶藻 M. mesomorphum、圆锥呼叶藻 Pneophyllum conicum、孔石藻 Porolithon onk