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粪便DNA提取的质量与动物的取食、样品采集地的环境温度、粪便的保存方法有着密切的关系。对于含纤维素较高的食物通过动物的肠道时会有较多的肠道细胞脱落，因此可以提高样品中DNA的含量；当样品采集地的环境温度较高时容易使粪样中的DNA降解，将会降低样品中DNA的含量；然而生活在不同生境类型内的动物，应采取不同的粪便保存方法，这样可以提高样品的质量。在粪便DNA提取方法中，常规法是一种简单、省时、经济的方法。随着粪便DNA分析技术的发展，这项技术在将来的濒危物种遗传结构的研究中会得到广泛的应用。