为比较我国省级区域创新系统的创新效率差异性,以便给出相应的政策建议。在给出Malmquist指数评价模型基本原理及评价指标体系的基础上,运用因子分析法对评价指标进行降维处理,提取出投入总量、投入强度、新产品产出、知识产出和绿色产出五大综合评价因子,然后运用Malmquist指数评价模型对我国省级区域创新系统的创新效率进行对比分析,并采用β绝对收敛法对我国省级区域创新系统的创新效率进行收敛检验。研究发现,一方面,我国省级区域创新系统的创新效率在2002—2011年间整体上处于增长状态,创新效率的整体增长动力主要来源于技术进步,技术效率起阻滞作用,规模效率呈现下降趋势;另一方面,各省级区域创新系统创新效率增长存在显著差异,整体上呈现从东北、东部、中部到西部由强到弱的梯度分布,而且β绝对收敛检验表明我国省级区域创新系统创新效率在地区间不存在收敛特征。