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根据基因库中单孢子虫和折光马尔太虫的基因序列，分别设计了2对特异性引物，通过对二重PCR扩增条件的优化，研究建立了可同时检测鉴别这2种原虫的二重PCR。对同一样品中的单孢子虫和折光马尔太虫模板DNA进行扩增，得到2条大小与试验设计相符的244bp（单孢子虫）和478bp（折光马尔太虫）的特异性扩增带，而对派琴虫、嗜水气单胞菌、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的检测，结果均为阴性。敏感性试验表明，该技术最低能检测到10pg的单孢子虫和折光马尔太虫DNA。