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2009年12月，安徽省新闻出版局对全省177种期刊（其中科技类92种）进行评比。评审单位借鉴兄弟省市经验，制定并采用了较为详细的评分标准，先将评分标准发到各期刊社进行自评，再由评委集中进行对比评审。评出一等奖社科类和科技类各3种，科技类中科普类、技术类和学术类各一种。《中国药理学通报》以良好的学术形象和一以贯之的编辑风格，当之无愧地获得科技学术类一等奖。此后，华东地区六省一市新闻出版部门确认本刊为华东地区优秀期刊。