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[目的]从日本进境百合种球中发现带有褐色、不规则病斑的种球,对其进行病原菌分离培养,以明确其病原种类及分类地位。[方法]通过菌落形态特征观察、ITS序列分析、致病性测定对该分离物进行鉴定。[结果]该分离物接种百合种苗引起枯萎反应,ITS序列和层出镰刀菌（Fusarium proliferatum）的序列相似性为100%,结合分离物的菌落特征和孢子特征将病原菌鉴定为层出镰刀菌。[结论]引起百合种球病斑的病原菌为层出镰刀菌。