小百草岭具有野生种子植物141科、576属、1 406种。区系统计分析表明: (1) 科级组成中, 热带性质的科有55科, 占总科数的56 12%, 具较强的热带性质; 属级组成中, 温带性质的属有293属, 占总属数的56 35%, 表现出较强的温带性质, 从科到属的区系成分变化表明: 古热带起源的区系在喜马拉雅造山运动及滇中高原形成过程中, 区系成分逐渐分化发展, 在亚热带山地相应的海拔地段保留了相应的喜热成分, 又分化出适应亚热带山地的喜温成分, 从而使其区系的整体外貌呈现出热、温带成分的共存发展, 是亚热带山地植物区系的一个基本特征; (2) 区系成分新老兼备, 既有第三纪古老孑遗的类群, 也有新近分化衍生的类群, 众多的中国特有分布型(种) 中, 表现出与周边地区较为广泛的地理联系, 而与横断山地区共有的成分占据了明显优势, 揭示了两地间紧密的区系联系。