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小河沟自然保护区有两栖动物23种(隶属于2目6科14属)，其中中国特有种17种；爬行动物24种(隶属于1目6科15属)，其中中国特有种8种．地理区系组成中喜马拉雅—横断山型13种，占27．7％；南中国型17种，占36．2％；东洋型9种，占19．2％；季风型5种。占10．6％；全北型2种，占4．3％，具有较高的物种多样性和物种丰富度。