对果桑品种大10和白玉王成熟期的桑椹进行转录组测序,分析对比2个品种桑椹相关基因表达谱的变化.提取桑椹RNA进行Illumina HiSeq 4000高通量测序,利用GO、KEGG等公共数据库进行功能注释、分类,利用数字基因表达谱技术对比分析.结果显示,测序得到32 155条基因序列,进一步富集得到3 560个差异表达基因,1 551个差异表达基因在GO数据库具有功能定义,537个差异表达基因注释到了KEGG数据库.GO数据库功能注释中,细胞组件类别的膜完整性差异表达基因430个,质膜差异表达基因245个,细胞壁差异表达基因46个,质外体差异表达基因35个.KEGG数据库功能注释关联到216个代谢途径,糖代谢相关途径主要有淀粉和蔗糖代谢、半乳糖代谢、果糖和甘露糖代谢、戊糖和葡萄糖醛酸相互转化,筛选到淀粉与蔗糖代谢途径的差异表达基因24个,细胞壁代谢途径的差异表达基因有14个,其中在大10中的表达高于白玉王的有8个,在大10中的表达低于白玉王的有6个.类黄酮物质代谢相关途径主要有苯丙烷类合成、类黄酮生物合成、黄酮和黄酮醇合成,筛选到花色苷合成的差异表达基因23个.结果表明,2种桑椹在糖代谢、细胞壁代谢、花色苷代谢相关的基因表达存在差异,研究结果可为进一步诠释桑椹品质调控分子机制提供参考.