人体微生态系统包括口腔、皮肤、尿液和胃肠道,肠道微生态系统是最重要、最复杂的生态系统。肠道微生态由肠道菌群和其寄居的环境组成,具有参与机体物质代谢、营养吸收、黏膜屏障、免疫调节等作用,与机体生理及病理活动关系密切,相互影响。人体微生物群落由细菌、真菌、病毒和古菌等组成,它们之间建立了高度复杂的相互作用网络。肠道微生物生物量占人体微生物总生物量的78%,约有400～500种肠道细菌。正常肠道菌群是人体的天然屏障,对维持人体健康起着重要作用。肠道菌群最显著特征之一是具有稳定性,菌群按一定比例组合,各种细菌相互制约、相互依赖,在质量和数量上形成生态平衡。人体内外环境的变化会影响肠道菌群数量及结构,特别是长期使用广谱抗生素,敏感肠杆菌受到抑制,会发生各种肠道疾病和肠外疾病。因此,维持肠道微生态平衡对于人类抵抗肠道病原体引起的传染病具有重要意义。近年来,国内外学者发现,肠道微生态与消化系统疾病、心脑血管疾病、代谢综合征、肥胖等关系密切。关于中医药与肠道微生态的实验和临床研究日益增多,中医药也成为打开肠道微生态大门的一把金钥匙。文章从中医病因病机、证候、实验研究及临床治疗方面着手,系统论述了中医药与肠道微生态的相关性。