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黄花菜根系中的碳素营养贮藏物是蔗糖及少量还原糖，无淀粉的存在。氮素营养来源于秋季植株叶片氮化物的回流及纤细根的吸收。根系中的碳素和氮素营养，在春季转化成氨基酸，供新株萌发生长。根系中，纤细根活力最强，纺锤根最弱。纤细根是吸收器官、肉质根是贮藏器官，根状茎的贮藏功能较弱。早春幼芽萌发生长时，纺锤根中碳素营养消耗量最大，圆柱根次之。