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目的了解2009—2011年惠州市手足口病流行的病原及流行情况。方法采集253份2009—2011年手足口病患儿的标本，采用荧光定量PCR法对患者标本进行核酸检测，对部分结果阳性的样品进行基因序列分型。结果253份样品中，总肠道病毒核酸（PE）检测阳性156份，其中CoxAl6核酸阳性41份，EV71核酸阳性92份；2009年手足口病流行的病原以CoxAl6型为主（69．0％）；2010年和2011年均以EV71型为主（分别为78．1％和67．5％）；30份EV71型病毒的基因测序分型均为EV71-C4a