目的:通过16S rRNA基因高通量测序分析,研究不同饮食习惯大学生的唾液菌群多样性。方法:在大学生群体中通过问卷调查的方式,选取36位受试者,其中19位同学喜荤且饮食以荤食为主(A组),17位同学喜素且饮食以素食为主(B组)。采取唾液样本,提取DNA,聚合酶链式反应扩增,利用Illumina测序平台对16S rRNA V3～V4区进行双端测序,利用QIIME等软件进行细菌群落结构及多样性分析。结果:共获得990 286条优质序列,检测出212个可操作分类单元,归属于16个门、143个属。A组和B组唾液微生物群落多样性分析显示,在门水平上,A组中SR1、Fusobacteria、Candidatus、Saccharibacteria的丰度显著低于B组。在属水平上,A组中的优势属,如消化链球菌(Peptostreptococcus)、微单胞菌(Parvimonas)、优杆菌(Eubacterium)、Saccharibacteria_genera_incertae_sedis、SR1_genera_incertae_sedis、卡氏菌(Catonella)、艰难杆菌(Mogibacterium)、Solobacterium相对丰度均比B组显著降低(P<0.05),而A组中棒状杆菌属(Corynebacterium)相对丰度比B组显著升高(P<0.05)。结论:人类口腔唾液有复杂的微生物群落结构,本研究表明大学生人群的饮食习惯对其口腔微生物的群落结构可能有显著影响。