分别利用真菌通用引物和厌氧真菌特异引物构建了西藏地区3种反刍动物和1种单胃动物共8份新鲜粪样的ITS克隆文库,以通过系统发育分析解析其中好氧真菌与厌氧真菌的多样性。通用引物ITS文库测得324条真菌序列,分别属于子囊菌门Ascomycota 3个目、担子菌门Basidiomycota 2个目、接合菌门Zygomycota的1个目和严格厌氧的新丽鞭毛菌门Neocallimastigomycota,共24个OTUs。其中,子囊菌门相对丰度最高,占80.6%;新丽鞭毛菌门相对丰度最低,仅占0.6%。大部分OTUs与已知真菌属、种关系较远。厌氧真菌特异引物文库测得661条序列,全部属于新丽鞭毛菌门,包括所有已知的厌氧霉属Anaeromyces、盲肠菌属Caecomyces、肠霉属Cyllamyces、新丽鞭毛属Neocallimastix、奥式霉属Orpinomyces、胃梨囊霉属Piromyces 6个属和3个未培养的属级类群(NG9、NG10、NG11),共29个OTUs。其中3个已知的单中心属存在于所有反刍动物样品中,并以Piromyces相对丰度最高(37.4%)。单胃动物马粪样中全部为NG9类群。NG9是本研究新发现的属级类群,研究中同时揭示有多个未培养种和潜在的新种。研究结果证明青藏高原反刍动物粪栖真菌多样性较高,并存在丰富的未培养种和潜在的新属及新种。