目的了解仙居县2008年6月-2009年6月儿童手足口病病例不同标本中肠道病毒EV71和CoxA16的感染情况,为手足口病的治疗和预防控制提供依据。方法采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及实时荧光RT-PCR方法,对145例疑似手足口病的咽拭子、疱疹液及脑脊液标本进行手足口致病病毒进行检测,全部取咽拭子145份,49份同时取疱疹液,47份同时取脑脊液,进行EV、EV7I和CoxA16的检测,最后对重症病例的病毒核酸测序,并进行基因分型。结果 145份疑似样品中,39份为肠道通用病毒阳性,其中21份样品EV71阳性,6份样品CoxA16阳性;咽拭子、疱疹液、脑脊液的检出率分别为28.6%、28.6%、12.8%;3例重症病例均只检出肠道病毒EV71,阳性率为100.0%。结论采用咽拭子及其疱疹液标本检出率比较,差异无统计学意义,且阳性检出率高于脑脊液标本,仙居县肠道病毒夏季高发,感染以EV71和CoxA16为主,手足口病重症感染病毒为EV71的C4亚型。