非典型新城疫常发生在已经免疫过的鸡群中，主要在首免与二免之间（20～30日龄），开产前后（50～60日龄），开产高峰期（100～120日龄）等多发。不表现新城疫的典型特征，发病程度也不剧烈，仅有轻微的呼吸道症状，出现零星死亡，养殖户也因此而忽略造成不应有的损失。
　　1 临床症状
　　临床表现以呼吸道和消化道症状为主，表现为食欲下降，张口伸颈、气喘，有时伴有咳嗽；软嗉，口吐黏液；拉绿色或黄绿色稀粪；鸡冠颜色有鲜红色逐渐变成浅红甚至苍白色；产蛋率下降，蛋壳发白，软蛋增多。
　　2 理变化
　　气管有灰白色或黄白色黏液，喉头小三角出血，向下延伸的出血不超过两个喉头小三角的尺寸；腺胃黏膜上有一层灰白色黏稠分泌物，腺胃乳头轻微水肿，挤压腺胃乳头有时流出脓性分泌物；盲肠扁桃体肿大出血；肠淋巴集结肿胀或轻度出血；泄殖腔黏膜呈刷状出血。
　　3 诊断
　　根据临床症状和病理变化做出初步诊断，再通过实验室血凝抑制试验诊断鸡群是否感染了非典型新城疫。
　　4 发病原因
　　4.1 疫苗使用不当，导致免疫失败
　　4.1.1 气雾免疫时气雾颗粒大小不规范，气雾过大，鸡无法吸入而直接坠落地面；气雾过小，则直接经呼吸进入肺部而不能刺激呼吸道黏膜而无法产生免疫力。
　　4.1.2 饮水免疫时由于控水及饮水时间控制不当，而无法使整个鸡群全部饮用到疫苗，造成鸡体抗体水平不一致，甚至有些鸡只因没有饮到疫苗而无法产生抗体。
　　4.1.3 不同疫苗同时使用而相互干扰造成效价降低。
　　4.1.4 频繁免疫导致抗体水平不高有的养殖户担心新城疫发生，而频繁免疫，使上一次免疫刚产生的抗体被中和，导致鸡群新城疫抗体水平不高。
　　4.2 疫苗保管运输不当，效价降低
　　疫苗没有按说明进行冷冻、冷藏等保管和运输，疫苗质量下降，导致免疫失败。
　　4.3 疫苗选用不合理，导致免疫失败
　　有的养殖户为了省事，只使用活苗饮水免疫，而不使用油苗肌注免疫，导致鸡群免疫抗体不高。
　　4.4 免疫抑制疾病的影响
　　如禽流感、法氏囊炎、鸡白痢、球虫病等都会引起免疫抑制。
　　4.5 新城疫超强毒株的存在
　　鸡虽然本身具有一定的抗体水平，但是新城疫超强毒株的毒力增强可以突破机体的免疫屏障而使鸡群发病。
　　4.6 其他原因
　　如鸡舍的环境卫生状况差、鸡群密度过大、饲料质量差等。
　　5 防治措施
　　5.1 选择优质疫苗，制定科学免疫程序
　　灭活苗要选择抗原含量高，副作用小、维持时间长的优质疫苗，并且严格按照疫苗的要求保存和运输；免疫程序要根据抗体水平检测结果，结合本地实际情况制定。
　　5.2 死苗和活苗相结合，使用方法要正确
　　新城疫免疫时在冻干苗免疫的基础上，进行新城疫油乳剂灭活苗的注射。在使用弱毒苗的基础上，要及时接种中毒苗，使用剂量要准确，操作方法要正确，以保证疫苗的抗体水平。
　　5.3 定期消毒
　　消毒能够减少环境中的病原体数量，防止环境中超强毒株的存在，降低鸡群的发病机会。
　　5.4 加强营养，培育健康的鸡群
　　只有健康的鸡群，才会产生良好的免疫应答。培育健康的鸡群，要使用优质的饲料，而且保证饲料中维生素的含量；保证饮用水的卫生和质量；搞好鸡舍内外的环境卫生。
　　5.5 发病措施
　　一旦确诊发病，应采取紧急措施，防止疫情蔓延和扩大，主要有封锁鸡场、紧急消毒、分群隔离等措施，将病鸡和接触过病鸡的可疑鸡分群。
　　5.6 用药准确
　　对于刚接种过疫苗，还没有产生足够保护力抗体的鸡群，应立即进行药物预防。主要为生物制剂+抗病毒药物+防止感染的药物。