1949年1月21日，蒋介石发表“引退”文告，随即带领少数亲信回到浙江。李宗仁以副总统身份代行总统职权。行前，蒋介石对广东人事作了布置，命亲信将领余汉谋为广州绥靖公署主任，让薛岳出任广东省主席。
　　府院之争
　　行政院长孙科得蒋介石授意，于1月25日正式宣布将政府南迁广州。2月4日，孙科偕同副院长吴铁城、国民党秘书长郑彦棻，乘坐飞机抵达广州白云机场，余汉谋前来迎接。
　　孙科的“迁都”行动纯属突然袭击，“代总统”李宗仁意见很大，认为“总统府”孤零零留在南京，不仅工作无法开展，对和谈也极为不利。
　　2月20日，李宗仁追到广州跟孙科交涉，要求首脑人物仍回南京办公，未获满意答复。对不听话的孙科内阁，李宗仁甚为恼怒，遂发动“倒孙运动”。3月8日，孙科提出辞职。然而，反复协商的结果，接替孙科的是蒋介石嫡系何应钦。
　　4月21日，解放军发起渡江作战，李宗仁、何应钦召集行政、立法、监察三院正副院长及秘书长举行联席会议。“与会者咸以和谈破裂，首都将受炮火威胁，政府势须迁往广州，当决定即日起紧急疏散，行政院除国防部暂迁上海外，其余各部会均迁往广州，立法院亦决定迁穗。总统府则准备先迁至上海，再向广州移动。”
　　4月24日凌晨，解放军进入南京。14个小时后，何应钦乘专机飞抵广州天河机场。两天后，监察院长于右任、立法院长童冠贤、经济部长孙越崎等也相继抵穗。这个时候，蒋介石在上海布置撤退台湾事宜，“代总统”李宗仁则赌气飞回老家桂林。
　　随即，一批又一批的党政要人争相飞去桂林促驾。5月8日，李宗仁终于不情不愿来到广州。李宗仁对何应钦内阁十分不满，各方压力下，何应钦于5月30日宣布辞职。李宗仁的如意算盘，是让国民党元老居正出来组阁，蒋介石却从中作梗，最终李宗仁被迫提名阎锡山组阁。手无一兵的阎锡山还兼任国防部长，目的只是阻止李宗仁、白崇禧掌握军事指挥权。
　　各部迁址背后的玄机
　　国民党中央机关南撤，实行的原则大体是：先找对口单位安置，若对口单位没有条件，再找外部资源。
　　财政部这方面不用愁，撤到广东财政厅就“搞掂”。内政部长李汉魂为粤系将领，熟门熟路，把内政部设在文明路广东文献馆。工商部迁到广州万福路178号。3月12日，工商部、农林部、水利部合并为经济部，由孙越崎任部长，仍在万福路178号办公。交通部财大气粗，搬到租界沙面。卫生部一开始暂借惠福西路广州中央医院办公，不久迁到南石头海港检疫所。
　　定都南京后，国民党实行五院制，即行政院、立法院、司法院、监察院、考试院。五院南迁的时间有先后，其中只有四院到广州，考试院不知何故，搬到廣西梧州广西大学旧址。
　　中央气象局迁到广州后，办公地址在南华东路蚤科直街2号，这里原是归国华侨创办的中国火柴厂。比气象局更惨的是审计部。于右任当院长的监察院，本是不受待见的冷衙门，下属的审计部更是穷酸，连广州都不敢进，直接搬到了乡下。
　　摘自《澎湃新闻》