【摘 要】
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野生小麦是异源六倍体,基因组规模较大(约14 GB),且包含大量重复序列.为了培育具有优良性状的新品种,首先要定位控制目标性状的基因,因此建立一个完整准确的基因组注释软件流
【机 构】
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中国科学院计算机网络信息中心,中国科学院大学计算机与控制学院
【基金项目】
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国家重点研发计划(2018YFB0203903,2016YFC0503607);中国科学院信息化专项(XXH13504-08);中国科学院“百人计划”海外引进杰出人才择优支持(牛北方);国家自然科学基金(31771466);青海省科技成果转化专项(2016-SF-127)~~
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野生小麦是异源六倍体,基因组规模较大(约14 GB),且包含大量重复序列.为了培育具有优良性状的新品种,首先要定位控制目标性状的基因,因此建立一个完整准确的基因组注释软件流程至关重要.传统的基因组注释方法基于数据库比对,具有三个明显的缺点:一是比对速度慢;二是难以发现新基因;三是软件选择没有统一标准.本文提出了一种新的生物信息学注释流程,结合了基因数据库比对、转录组高通量测序数据分析、全长转录组单分子测序数据分析等多种技术手段,实现了六倍体小麦科农9204基因组完整准确的注释,为揭示小麦生长发育规律和培育
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