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特殊经济功能区是我国对外开放的先导示范基地,也是我国经济最具活力、具有潜力的增长点。作为城市发展的增长极,各类特殊经济功能区在城市创新体系中占据重要地位,其具有的综合优势为城市的创新发展提供了一个微缩的区域创新体系,文章从特殊经济功能区的空间载体、强势带动作用、科技资源的磁力中心等方面对特殊经济功能区在城市创新发展中的作用做了详细论述,并以大连为例,提出了促进特殊经济功能区创新效应的对策建议。