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区域经济合作在于统筹区域经济、资源、环境的协调发展，构建区域生态补偿机制是其重要保障，而科学的区域生态补偿机制，重在通过转移支付合理“弥补”生态功能区牺牲的利益而促使其生态保护与科学发展。构建区域生态补偿机制的现实难题，主要是同我国现行体制相关的诸多问题的综合表征，其基础依托在于法律制度、政策机制、组织体系之三个方面，其中立法创制与政策创新是关键。相关实践昭示，当前既要克服生态补偿立法上的缺陷，又要把握主体功能区规划实施的契机，推动以财政转移支付为主导的政府补偿政策机制的完善创新。