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以广东省民营科技企业为研究对象，在综合考虑多种R＆D产出的情况下，运用随机前沿分析方法（SFA）对广东省民营科技企业的R＆D综合效率进行测度。结果表明：广东省民营科技企业R＆D综合效率在珠江三角洲、粤东粤西两翼和粤北山区表现出一定的差异性，其中粤东粤西两翼地区的R＆D综合效率显著高于珠三角地区与粤北山区，而珠三角地区与粤北山区的效率差异并不显著；影响广东省民营科技企业R＆D综合效率的因素主要有区域间的市场结构、企业规模、资本结构及外咨成分等． 其中市场结构差异是造成R＆D综合效率地区差异的最重要原因。