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新型农村合作医疗覆盖率的提高及新型农村合作医疗财政专项补助资金投入的增加，亟须对财政专项补助资金的绩效进行评价。应以经济性、效率性、效益性和公平性为基本准则，通过资金筹集、资金运用、资金监管和综合效果4个一级指标以及必要时逐级分解出的21个二级指标和26个三级指标，对整个资金运动过程进行绩效考核。在此基础上，采用层次分析法对各指标权重进行计算，并立足百分制评分法，通过设定及格分和满分两个分值界限建立各指标的评分标准函数。