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通过对河源市新丰江水库集水区两县（连平县、东源县）2006-2010年5年间农业面源污染基础资料调查，并对两县生活污染、种植业、畜禽养殖业等污染源排放情况进行重点调查分析，结果显示：近年来连平县生活污染源COD和氨氮的排放量均大于东源县，而东源县种植业面源和畜禽养殖业污染源的COD和氨氮排放量均高于连平县，因此、提出连平县以控制生活污染为重点，而东源县以控制畜禽养殖污染为重点，以确保新丰江水库优质水的可持续利用。