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东方扁虾雄性生殖系统由精巢、输精管及雄性生殖孔三部分组成，输精管可分为前、中、后三段。精巢由卷绕的前、后收集管及持靠其上的许多生精腺囊所组成。同一腺囊内的精细胞发生基本同步，而不同腺囊内则可以不同步。收集管的主要功能是将精细胞团输送至输精管。精荚在输粗管内运行时一直进行着精子的形成过程，直至精子成熟。位于输精管末段不肌层外的索带状细胞团被认为是造雄腺。