现阶段学界关于生态环境损害赔偿行政磋商法律性质的观点如民事契约说、行政契约说、双阶理论说等仍存在相当缺陷,进而导致对生态环境损害赔偿行政磋商协议性质的认识也含糊不清。生态环境损害赔偿行政磋商源于我国《宪法》《环境保护法》规定各级政府及其组成部门应当履行生态环境保护和自然资源获取、开发、利用行使行政监管职责的实定法律义务,将其法律性质界定为行政事实行为将有助于弥补上述理论缺陷并理顺该机制各环节之间的关系。《改革方案》将生态环境损害赔偿行政磋商任择程序改为强制前置程序,意味着行政机关和行政手段将在生态环境损害赔偿活动中占据主导地位并成为优选方式。生态环境损害赔偿行政磋商程序的功能包括作为生态环境损害纠纷处理的主要方式、传统行政监督管理模式、原则嬗变标志、生态环境损害法律责任确立要件等。生态环境损害赔偿行政磋商法律规则应更加关注内部规则构思设计,如磋商启动条件、运行规则、实效保障、行政相对人权利救济等方面的问题。