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本体相似度计算和本体映射被广泛应用于查询扩展和图像检索中，已成为信息科学研究的热点内容，其核心为计算本体图中顶点间的相似度。用核矩阵表示本体图中每一对顶点的相似度，根据相邻顶点相似度大、不相邻顶点相似度小的特征，结合转换函数的光滑性得到核矩阵优化模型，求解模型得到最优核矩阵。将此方法分别应用于生物GO本体和数学学科本体，通过实验表明新本体相似度计算和本体映射算法有较高的效率。