【摘 要】
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本研究对2001年广东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的一株肠道病毒AFP341GD-CHN2001株进行了高通量测序后,获取该全基因组序列,经鉴定该毒株为EV-
【机 构】
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南方医科大学公共卫生学院; 广东省疾病预防控制中心微生物检验所; 广东省公共卫生研究院;
【基金项目】
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广东省医学科学技术研究基金项目(项目号:A2019408),题目:基于二代测序技术的手足口病相关肠道病毒通用检测方法的建立;国家自然科学基金项目(项目号:81660280),题目:人肠道病毒交叉中和表位筛选及其嵌合病毒样颗粒疫苗的交叉保护性研究~~
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本研究对2001年广东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的一株肠道病毒AFP341GD-CHN2001株进行了高通量测序后,获取该全基因组序列,经鉴定该毒株为EV-B83。为了解该广东省首株EV-B83分离株的全基因组特征及其重组特点,本研究对AFP341GD-CHN2001毒株通过最大似然法构建系统进化树,利用bootscanning分析该毒株与其它型别肠道病毒的重组位点,最后根据该重组位点分区段构建系统进化树,进一步验证重组分析结果。全长VP1序列构建的分子进化树表明,AFP341GD-CHN2001毒株与EV-B83原型株及柬埔寨SEP025KH2012分离株形成一簇;初步构建P1、P2、P3编码区序列系统进化树,提示该分离株在其分子进化中可能存在基因重组,而bootscanning分析表明非结构蛋白编码区是其发生基因重组的区域。根据bootscanning分析的断裂点对该毒株的全基因组序列分成3段构建系统进化树,该系统进化分析结果进一步明确该分离株于2B、2C、3D非结构编码区存在型间重组,与AFP341GD-CHN2001发生重组的毒株为CV-A9分离株NSW-V20AU2008、CV-B2分离株NSW-V53AU2010以及CV-B3分离株SSMJL-CHN2006。当前GenBank数据库中仅有来自美国以及中国云南的两株EV-B83全基因组序列,缺乏对该基因型的分子进化特征描述,本研究中的AFP341GD-CHN2001毒株为广东省首株EV-B83分离株,扩展了EV-B83数据信息,为今后EV-B83的研究提供了基础性资料。
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