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１９９１－１９９７年，经线路踏查，访问，捕捉和查阅已往资料，对祁连山自然保护区分布的啮齿动物进行了调查，初步查明该类动物有２目８科３６种，动物区系属古北界青成长我和蒙新区的交汇地带。分布着高地森林草原－草甸草原啮齿动物和温带荒漠，半荒漠啮齿动物两大类群。依据气候，植被及啮齿动物的分布情况，划分为５个水平地理小区。当前，主要的森林鼠害为中华鼢鼠。