种子发芽率是指在规定的条件和时间内，长成的正常幼苗数占供检种子数的百分率，是影响种子质量最直接的指标之一。发芽试验对种子生产经营和农业生产具有重要意义。最高的种子发芽率除了与种子的遗传特性有关系之外，发芽环境也是影响的主要因素。研究影响种子发芽率的因素，对提高种子的发芽率有巨大的促进作用。现结合多年工作经验，谈一些自己的看法，以供种子检验人员参考。
　　1 外在因素
　　1.1 水分 水分是种子发芽的关键性因素。种子必须吸取足够的水分才能使内部的酶或植物激素活化，促进贮藏物质的转化，加强呼吸作用，增加能量供给，促进细胞的生长，从而促进种子的萌发。不同作物种子发芽对水分要求不同，水分过高易缺氧会增加种子霉烂和病菌感染的几率。水分过低影响种子正常发芽生长且易形成畸形苗。一般砂床饱和含水量为60%-80%为宜。
　　1.2 温度 各种作物种子发芽通常有最低、最适和最高三种温度。温度过低使种子生理作用延缓，温度过高会使种子生理活动受到抑制而影响发芽，产生畸形苗；只有在最适宜的温度下，种子才能正常、良好的发芽。
　　1.3 氧气 氧气是种子发芽不可缺少的条件。作物种子对氧气的需要量和敏感性是有差异的。一般来说旱生的大粒种子对氧气的需求较多，而水生的小、中粒种子则对氧气的需求较少。如果发芽床上水分多、氧气少，则长芽，水分少而氧气多则宜于长根。
　　1.4 光照 光照因不同作物而异，作物种子发芽对光反应不同，一般分为需光型种子、需暗型种子和光不敏感型种子。多数大田作物和蔬菜种子对光不敏感，在光照或黑暗条件下均能良好发芽，但最好还是采用光照。
　　2 外在因素
　　2.1 种子成熟度 一般情况下，成熟度高的种子发芽率高。这是因为正常成熟的种子能够为其萌发提供充足的营养物质，而未正常成熟的种子则不能。
　　2.2 种子休眠 大多数植物的种子成熟后即可萌发，如水稻、小麦等，但有些植物的种子在脱离母体后即使外界条件非常优越也不能萌发，必须经过一段时间的休眠，如苜蓿、银杏等。
　　2.3 种子含水量 在一定范围内和相同的试验条件下，种子本身含水量越高越有利于萌发。但在种子储藏时，如果种子含水量过高，就会增强种子的呼吸作用，从而导致种温升高，种子出汗、结露、甚至霉变，严重影响种子发芽率。在收获晾晒过程中，如果在水泥地上长时间暴晒，会使种子含水量急剧下降，形成所谓的“铁籽”，种子的发芽率也会大大降低。
　　2.4 药害 在种子包衣（或药剂拌种）过程中，由于种衣剂（或药剂）质量不过关或操作过程中药种比过大，均会对种子产生一定的药害，降低种子的发芽率。有资料表明，小麦包衣后立即进行发芽试验，在规定时间内同空白对照作比较表现为萌发迟缓，且发芽率偏低。
　　3 人为因素
　　3.1 扦样引起的误差 扦样是种子室内检验的第一道程序，扦取的样品是否有代表性是减少室内检验误差，检测结果准确性的关鍵。扦样员在扦取品时每一步操作都必须遵守如下原则：（1）、被扦种子批均匀一致：这是前提，只有当种子批中的种子质量均匀时，才能从中扦到有代表性的样品。（2）、按照预定的扦样方案采取适宜的扦样器和扦样技术扦取样品：检验规程对扦样方案所涉及的关键三要素即扦样频率、扦样点分布及扦样点扦取相等种子数量作了明确规定。（3）、按照对分递减或随机抽取原则分取样品。（4）保证样品的可溯性和原始性。（5）、扦样员应经过培训。
　　3.2 试样数种引起 有些检验员在种子数取过程中挑肥拣瘦，小粒、瘪粒、机械损伤粒、发莓等种子都不要，只要大粒，完整粒及健康粒的种子，造成试验结果偏高。在数取种子时，只要是净种子，无论是大粒小粒，饱粒瘪粒，破损粒还是完整粒，都应数取。不能挑拣。
　　3.3 清洁杀菌不彻底 发芽盒和发芽箱在每一次使用前都要进行清洁消毒处理，发芽用纸（或砂）使用前也要进行杀菌。上述物品如果没有进行清洁消毒或杀菌不彻底，都会增加种子感染病菌的机会，从而使发芽率下降。
　　3.4 加水不当 管理过程中，发芽床过干或过湿，以及各重复加水不一致，都会影响正常出芽和种苗生长，导致结果的不准确。
　　3.5 幼苗判定产生的误差 不同的检验员由于对专业知识掌握的程度不同，对幼苗判定的尺度把握也就必定存在差异，同一样品的4次重复，不同的人来操作和判定最容易引起超差。幼苗鉴定是发芽试验中的一个最重要的环节，每株幼苗都必需按规定的标准进行鉴定，认真鉴别正常幼苗和不正常幼苗，正确区分初生感染幼苗和次生感染幼苗。正确使用50%规则判定。
　　3.6 计算过程中产生的误差 由于计算失误或没有执行最大容许差距及数值修约规定，使相同的试验数据往往得出不同的检测结果。