一六○○至一七三○年间的中西文化交流，造就了西学第一阶段的发展。这样的交流可视为中西各自在政治、宗教与思想等三方面因缘际会的历史发展中，所共同交错构成的一个文化场域。就西方而言，这三方面的发展是指：西欧绝对王权的兴起，宗教改革后天主教之传教热潮的全球性扩散，以及希腊罗马文明，甚至是更早之古文献的复兴。就中国而言，它们是指：继明朝之后大清帝国的崛起与巩固，为了清政权正当化而进行的儒家经典的重构，以及为重整先秦古籍而推动的汉代考据学之复兴。当上述三方面的历史发展在中西各自的内部展开时，各种文化智识展品便在这场域中交换、改造与流通。在此交换场域中，耶稣会士(Jesuits)，多明我会士(Dominicans),圣方济会士(Franciscans),圣奥古斯丁会士(Augustinians)等都来到东亚，但耶稣会士扮演了最出色也最成功的文化中介者。
　　耶稣会士在中国的传教事业，乃建筑在一种双重吊诡的情境之上。一方面，他们越是想要达到传教的目的，他们就得在天文历算等技术知识上提出“闻所未闻”的新奇项目来迎合、吸引中国的精英；而他们越是这么做，他们就越得依赖朝廷的金援以及士绅精英的人脉网络。但另一方面，他们越是如此依赖，他们就越得向儒学靠拢，并自我节制传教的活动。这样的吊诡处境可见于朝廷与地方两层级的耶稣会士。大体而言，当朝廷的耶稣会士越是谨守大清国的命令，地方的耶稣会士便越显得脆弱。但反过来说，朝廷的耶稣会士因对清廷负有天文历算、制作舆图大炮等的责任义务，他们在弥合所谓的“科学”与“传教”之间的差距上，面临着更多的不确定性。
　　讽刺的是，对中国的精英来说，问题反而是：如何在耶稣会士的著作中，将传教的文字与技术知识的文字区别开来。最令他们记忆深刻的，并不是哪本地方耶稣会士所写的教义问答书，而是朝廷耶稣会士所完成的天文历算的翻译。两名耶稣会士的开路先锋，罗明坚(Michele de Ruggieri, 一五四三——一六○七)与利玛窦，一五八三年在广东落脚安顿后，随即展开传教工作。利玛窦师从克拉维斯（Christopher Clavius，一五三八——一六一二），在欧洲耶稣会的自然哲学界，克拉维斯是一个关键人物，并且在欧洲首屈一指的罗马学院担任主编数学及天文学等教科书的权威职位。罗马学院在迫害伽利略的案件中，是教会主要的知识权威来源，因此，过去科学史学界总是把罗马学院描写成一个反科学、反宗教改革的反动机构。但这个反科学部分，最近已受到北美科学史学界的重新考量。罗马学院的科学教育不可与其迫害伽利略的立场混为一谈。事实上，在罗马学院的保守学者与当时科学革命的先驱们针锋相对的论争中，很大程度上双方对于经验作为知识来源的预设立场却相当一致。
　　当明朝历书中对天体运行的观测及计算的准确性出现问题时，著名大臣徐光启便找来利玛窦，将克拉维斯的Elementorum（欧几里得之几何原本的一种注解版本）译成中文。在徐光启的督导之下，耶稣会士开始输入第谷模式的宇宙论——折中了旧的托勒密式的地球中心论与新的哥白尼式的太阳中心论的一种宇宙模式，以及文字代数（有别于现代的符号代数）与球面三角学，借以解决明朝历书的计算问题。耶稣会士的天文历算最独特的核心部分（即第谷的宇宙模式），完全跳过了罗马学院的保守学者与当时科学革命的先驱们所发生的科学论争，而是直接移植丹麦贵族第谷（Tycho Brahe, 一五四六——一六○一）的观察式的宇宙模型学。在哥本哈根附近的一座岛上，第谷盖了一个规模宏大的天文观察台。这座欧洲近代早期最有系统的天文观测与资料收集的处所，于一五九六年以后，即陆续与耶稣会士有所接触。大约从一六二○年开始，第谷死后出版的著作引起德、义境内耶稣会天文学家的注意。耶稣会士宣誓效忠教皇，围堵新教势力的扩散。当时部分新教徒在德国的维腾堡（Wittenburg）大学开始研读哥白尼的作品，耶稣会士则选择接受了温和折中的第谷模式的宇宙模型，并在保留了它的复古神学（prisca the－ologia, ancient theology）——文艺复兴时流行的一种神学，主张希腊、埃及与中国的先知都接受过上帝的启示。如此一来，耶稣会士在来华之前就已经清楚地将自己定位于文艺复兴复古神学的传统里以及反哥白尼、反伽利略的阵营中。
　　在中国，耶稣会士作为一个政治派系的崛起，无不关系到明朝的覆亡以及随后清帝国的建立与扩张。明朝灭亡后不久，汤若望(Adam Schall, 一五九一——一六六六)与南怀仁(Ferdinand Verbiest, 一六二三——一六八八)两名耶稣会士，在新兴的清政权之下，成功地巩固了他们的科学独占地位。但尽管他们在清廷有这样的独占地位，这些耶稣会士们最关心的，倒不是如何贡献他们的科学长技，而是如何保障他们的传教权利。不过，他们还是必须提供对于宇宙几何模型的持续修正以便做出更准确的天文计算与日月食的预测。他们同时必须避免提出革命性的宇宙模型，否则，他们很容易就会被当成是可疑的外国人。更重要的是，他们别无选择地必须与中国的知识精英结盟，从而也十分受到宫廷的精英政治的钳制。
　　以上大致说明了耶稣会士在华的处境及脉络。他们所带入的第一阶段西学，就内容而言，除了第谷模式的宇宙论之外，还包括欧洲文艺复兴晚期与启蒙运动早期的各式各样的学说思想。十六世纪欧洲学者们对于宇宙的看法，往往挣扎于“传统的力量”与“发现的震撼”之间。在中国，作为“发现的震撼”之主要传递者的耶稣会士，则是将他们本国的某一种特定的传统，移植到中国来。在“西学”的名义之下，朝廷与地方的耶稣会士协力倾注于西方文化的大量引介，内容涵盖了中世纪的劝善寓言、亚里士多德的自然哲学、圣经的诺亚故事、第谷模式的宇宙论、欧几里得几何学、遥远地区的传奇故事、地理学与宇宙志、炮弹制造技术、玻璃制造技术、文字代数、解剖学、光学、药、葡萄酒以及天文仪器的制造等等。这些大量引介进来的东西，大都被当作稀奇有趣的舶来品，以助长“闻见之知”。虽然大多数的著作有着更广泛的诉求对象，但部分著作只在宫廷流传而未及于江南精英社会。更重要的是，不论是中国的士人或者是耶稣会士，未尝有人挑战过明清帝国道统中所宣示的那一整套对于宇宙、时间与空间的儒家式理解。
　　为了容纳来自拉丁西方的庞大资讯，清初的知识精英遂发展出一种世界主义式的儒家思想架构(cosmopolitan confucianism)，作为讨论西学的知识架构。到了一七○○年，中国有关欧亚大陆、非洲、印度、东南亚等各地区的记载，已累积到了必须重新做整体的理解才能有效分类的地步。虽然大多数的知识精英是来自江南，但在官方或私下的文字里，他们都肯认京师（北京）仍是政治与文化的中心。至于耶稣会士，至少在表面上，他们从来都毫不犹豫地接受了这种世界主义式的儒学架构。因此可以说，在“西学”的名义之下，耶稣会士传入中国的乃是一个未经充分利用的仓库。里面所储藏的耶稣会的教义、故事与理念，就在宫廷与少数精英中持续地累积，但很有限度地被阅读与了解。虽然中国知识精英将西学理解成一个容纳千奇百怪与多方才艺的综合体，但通过科学与“好古(antiquarianism)”的巧妙结合，耶稣会士仍成功地开拓出一片文化版图，赢得部分清廷知识精英的接纳。另一方面，在中国的农村社会，虽然相较于道教、佛教与种种秘密宗派的稳固势力，耶稣会士的传教事业仅得到有限的成就，但他们终究亦设法产生了一笔相当可观的文献。这个文献仓库容纳了十余种语言的各式资料，具有强烈的世界史意涵。虽然在政治、经济、社会史各方面，对于十八世纪中国是否具有“近代早期”的特色，仍是北美史学界争议的焦点，许多学者反对这种目的论式的讨论。但在近代早期世界的文化版图上，笔者认为从清初转至盛清过程内的学术思想中那种呼之欲出的近代风格，毋庸置疑地应加入“近代早期中国”的辩论中。
　　过去汉语学界的研究在处理耶稣会科学的传入时，总倾向于咎责耶稣会士的工具性操作，或者感叹于清廷之未能采用耶稣会科学。这样的观点假设：近代早期科学的种子，若能在中国的土壤里得到妥善的播种，则假以时日，近代科学势必在中国开花结果。这种一厢情愿的假设，有着两个谬误。首先，西欧以外各地区的近代科学之发展与传播，皆有其所依赖的当地特定的政治、制度与社会背景条件。其次，西学所涵盖的近代早期科学，其实是一种误导的(严重地说是错误的)第谷宇宙系统。根据上面有关十七世纪中国第一阶段之西学的讨论，我们应当提问的是：既然西学所涉及的近代早期的西方文化，包含了文艺复兴晚期的人文主义、启蒙运动早期的叙事，以及近代早期的科学等如此万端庞杂的内容，那么，耶稣会士自身的目的、主张以及世界主义式的儒家思想架构，如何对真正流传入中国的西学，在内容上发挥筛选与导向的历史作用？而他们又如何在“西学”的名义之下，采撷输入近代早期的西方文化？