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我国目前的矿产资源有偿使用制度体系存在的缺陷导致了目前资源行业的一系列问题,特别是作为整个体系核心的资源税和资源补偿费制度都存在着重大弊端。资源税应改变目前调节级差收入和资源保护兼顾的双重职能模式,将职能集中到资源开发过程中的资源保护,以及对于环境破坏的生态补偿上来;资源补偿费制度则应在吸收资源税的级差收入调节功能的基础上调整费率和征收标准,整合形成我国的权利金制度,以便切实维护所有者权益。最终的结果将是两者相互协调配合,形成更为合理的矿产资源有偿使用制度体系。