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自上世纪80年代后期规模化养殖在我国推广以来，新城疫、传志等已在我国流行的疾病发病率明显增加，鸡白痢也处于失控状态(无白痢种鸡场的概念已无人问津)。20世纪90年代以来先后流行了传染性法氏囊炎、EDS-76、传染性贫血、肿头综合征、传染性禽脑脊髓炎、大肝大脾病、白冠病、传染性鼻炎、传染性腺胃炎、J-亚群白血病、禽流感；鸭肝炎、鸭疫里默氏杆菌病、副黏病毒病等传染病也在水禽(鸭、鹅)中流行，但是目前水禽的传染病要比鸡少。