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短序列模式分析是基因序列分析的一个重要组成部分，在进行生物信号识别的时候，一般都会利用到短序列模式的信息。通常短序列模式的数目很多，如果每个都应用到生物信号识别中，会产生大量的参数，而且无法体现信号的主要特征。为了找出在识别信号位点中起关键作用的短序列模式，以信息增益作为评价依据，按照逐步选择的策略，将模式进行排队。根据排队结果，选取信息增益突出的短序列模式作为识别生物信号的关键依据，这样可以用较少的模式得到较好的结果。结合选取的短序列模式，用最大熵模型作为信号序列真实分布的估计，从而对给定序列进行识别。