【摘 要】
：
为了研究枣树枣疯病发生的分子机理,基于边合成边测序技术,本研究使用Illumina高通量测序平台对健康及感病的木枣树叶片进行转录组测序分析.经过测序质量控制,共得到Clean Data 55.17 Gb,各样品Clean Data平均为6.13 Gb,GC％含量为45.43％,Q30>93.63％,与参考基因组的比对效率在78.41％～85.77％之间,共发掘1909个新基因.样品间共筛选出9593个差异表达基因,其中上调基因有6199个,下调基因有3394个.同时,还预测出1298个转录因子,归于55类
【机 构】
：
延安大学生命科学学院,陕西省红枣重点实验室,延安, 716000
论文部分内容阅读
为了研究枣树枣疯病发生的分子机理,基于边合成边测序技术,本研究使用Illumina高通量测序平台对健康及感病的木枣树叶片进行转录组测序分析.经过测序质量控制,共得到Clean Data 55.17 Gb,各样品Clean Data平均为6.13 Gb,GC％含量为45.43％,Q30>93.63％,与参考基因组的比对效率在78.41％～85.77％之间,共发掘1909个新基因.样品间共筛选出9593个差异表达基因,其中上调基因有6199个,下调基因有3394个.同时,还预测出1298个转录因子,归于55类转录因子,其中AP2-EREBP家族、MYB家族、bHLH家族和C2H2家族最多,分别有112个、90个、90个和85个.健康木枣与感病木枣(ML vs.WL)注释到各数据库的差异表达基因数(4755)明显多于其它两个样品组.各样品组间差异表达基因显著富集在黄酮类化合物、苯丙烷类化合物和不饱和脂肪酸生物合成途径,以及植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢和脂肪酸代谢等代谢通路.该转录组测序分析为寻找枣疯病相关基因提供理论参考.
其他文献
为了研究小麦抗赤霉病相关UDP-葡萄糖基转移酶TaUGT6基因的功能,利用TaUGT6基因的编码区构建了原核表达载体pGEX-TaUGT6,转化大肠杆菌BL21(DE3)菌株后,经异丙基硫代半乳糖苷(isopropylβ-D-1-thiogalactopyranoside,IPTG)诱导表达对培养温度、培养时间进行了探索;然后利用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)检测重组蛋
转化酶抑制子(InvInh)是转化酶翻译后水平的一个重要调控因子,通过与转化酶结合成复合物来抑制转化酶酶活性.为了探究甘蔗SoInvInh2基因的功能特性,本研究以甘蔗品种GT28叶片总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增甘蔗SoInvInh2基因的编码区序列,以中间载体pMD18-T和表达载体pRI101-AN为基础,采用酶切和连接的方法,构建植物正义表达载体.通过花序轴浸染法转化拟南芥,获得转SoInvInh2基因拟南芥株系.经kan抗性筛选和PCR扩增检测,共获得12株阳性植株,转化效率为9.7％
通过同源克隆法获得烟草抗病基因同源序列(RGAs),为烟草抗病基因的筛选和相关研究提供帮助.基于抗病基因的NBS-LRR保守结构域,筛选并合成了3对简并引物,扩增烟草中的NBS-LRR类抗病基因.获得了4条与抗病基因具有高度同源性的NBS-LRR类烟草抗病基因同源序列(TRGA,登录号:MK634316,MK634317,MK634318,MK634319),目的片段大小均在500 bp左右;BLAST X分析表明,获得的4个烟草RGAs与已知RGAs具有高度相似性,氨基酸相似性为97％～100％;聚类分
OsMADS56是水稻中长日照下的开花抑制基因,与拟南芥中同时影响开花时间和花发育的SOC1同源.为了深入探究OsMADS56基因对水稻开花时间的调控功能,本研究利用反向遗传学的方法通过CRISPR/Cas9基因编辑技术对OsMADS56基因设计了2个特异性敲除靶位点,构建了OsMADS56基因敲除载体,并通过农杆菌介导的转化方法成功获得了野生型粳稻9522背景的转基因苗.鉴定结果显示9棵OsMADS56转基因苗中包含了3种纯合突变类型,包括第一个外显子第45号碱基处缺失了一个G碱基、缺失了包含了第一个起
通过检测重金属离子(Cu2+,Zn2+,Pb2+,Hg2+,Cd2+)处理后\'广林9号桉\'(\'Eucalyptus Guanglin9\')4个叶绿体基因(Rbcl,Accd,Ndhf,Matk)的表达变化,探究重金属胁迫对叶绿体基因表达的影响.分别用5种重金属离子的低、中、高浓度溶液连续灌根处理\'广林9号桉\'3月龄幼苗20 d后,提取总RNA,反转录获得cDNA,实时荧光定量PCR(qPCR)检测Rbcl、Accd、Ndhf、Matk基因的相对表达水平.Zn2+、Pb2
为了探讨Hog1基因在油茶果生刺盘孢菌(Colletotrichum fructicola)致病过程中的作用.本研究以酿酒酵母中的Hog1基因为依托,进行BlAsTP比对分析油茶果生刺盘孢菌的全基因组数据,以获取与其高度同源的Hog1蛋白序列,通过对ATMT体系进行改进和调整,建立了炭疽病菌基因敲除体系.采用形态观察、显微鉴定、生物学表型分析方法,基于科赫法则(Koch postulates),检测病原菌的致病力大小.结果表明,本试验成功敲除了C.fructicola野生型菌株CFLH16 Hog1基因,
水杉(Metasequoia glyptostroboides)是著名的杉科孑遗植物,对水杉的分子遗传研究在其资源保护和利用方面具有重要意义.本研究以水杉为实验材料,在全长转录组测序的基础上克隆了一个泛素结合酶基因(MgUC-E2),并进一步对该基因作了生物信息学分析.结果表明:MgUC-E2基因cDNA编码链全长为691 nt,可以编码长度为148个氨基酸的泛素结合酶.该酶蛋白的分子量为16545.09 kD,等电点为7.72,平均吸水值为-0.343;含有15个磷酸化修饰位点和5个常见功能位点;在预测
为进一步明确浙江省常规晚粳稻品种中稻瘟病抗性基因的分布情况,本研究利用Pi2、Pi9、Pi5、Pi40、Pib、Pita、Pi25、Pi41、Pikm和Pigm 10个抗瘟基因的功能标记,对12个常规晚粳稻主栽品种进行分子标记检测.结果表明,Pib、Pi25、Pi40和Pi41等4个抗性基因在这些供试品种中的分布频率高达100％;Pi2和Pikm的分布频率均为58.33％,Pita、Pi5、Pi9和Pigm的分布频率分别为50.00％、33.33％、25.00％和0;12个供试水稻品种中,\'浙粳29
本研究的目的是克隆白花泡桐纤维素生物合成途径关键酶基因——纤维素合成酶家族基因.采用PCR和RACE技术,利用Oligo、Primer Premier 5等软件进行引物设计,从白花泡桐中克隆出纤维素合成酶基因一条,NCBI分析后,命名为PfCesA4(NCBI登录号:MK340936).PfCesA4基因的cDNA全长为3735 bp,其开放阅读框(ORF)长度为3138 bp,能够编码含有1045个氨基酸的蛋白质,此蛋白质的相对分子质量为119081.91 u,等电点为7.24.二级结构分析表明其以α-
查尔酮合酶(chalcone synthase,CHS)是艾纳香(Blumea balsamifera DC.)黄酮类化合物代谢途径的关键酶之一.本研究以产自贵州省罗甸县道地艾纳香为研究材料,参照艾纳香叶的转录组数据,设计PCR引物,成功克隆得到查尔酮合成酶基因的完整cDNA序列,利用生物信息学分析软件对其进行相关分析,包括氨基酸性质、信号肽、跨膜域、多序列比对、进化树构建以及蛋白的二、三级结构预测等,并且构建了CHS原核表达载体,在BL21宿主菌中可以表达目的蛋白,为黔产艾纳香中CHS的生物学研究提供依