目的通过筛选新疆维吾尔族食管癌患者放化疗疗效差异蛋白,预测疗效相关蛋白。方法采集新疆维吾尔族局部晚期食管鳞癌患者治疗前后静脉血共28例,同时将14例健康体检者静脉血作为健康对照组,对完成放化疗的患者进行随访及疗效评价,并对各组提取的血清应用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术进行蛋白质谱检测,通过蛋白分析软件筛选差异蛋白。根据有效与无效将患者分为有效组(n=15)和无效组(n=13),根据远期疗效将患者分为无进展生存期(progression free survival,PFS)大于1年组(n=16)和PFS小于1年组(n=12)。结果 (1)治疗前食管癌患者与对照组比对,差异蛋白共83个,其中上调蛋白有48个,下调蛋白有35个。(2)无效组与有效组比对,客观有效率53.57%,筛选出差异蛋白共52个。(3)PFS大于1年组与小于1年组比对,筛选出差异蛋白共128个。结论角蛋白、C反应蛋白、补体因子H相关蛋白、α微管蛋白、血清淀粉样蛋白等表达越上调食管鳞癌患者的放化疗疗效越差,而补体、载脂蛋白、血清淀粉样蛋白P、分泌性磷蛋白24(secreted phosphoprotein 24,SPP24)、视黄醇结合蛋白、皮连蛋白等表达上调可能与疗效良好相关;视黄醇结合蛋白4、SPP24、cDNA FLJ41552 fis、血浆丝氨酸蛋白酶抑制剂(plasma serine protease inhibitor,IPSP)等蛋白为本研究首次关于食管癌的报道,与食管癌有一定相关性。