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同源异型基因MADS-box家族广泛参与植物的生长发育和形态构建。MADS-box基因可分为I型和Ⅱ型,Ⅱ型也称为MIKC型。本研究对植物转录因子家族数据库中已公布的小麦(Triticum aestivum)、水稻(Oryza sativa)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)基因组数据中的MIKC型基因进行了多重序列比对和系统进化分析,从中国春基因测序数据中鉴定出51个小麦MIKC型基因,分属于agamous(AG)、suppressor of overexpression of constans(SOC)、agamous-like gene 6(AGL6)、sepallata/agamous-like gene 2(SEP/AGL2)、short vegetative phase(SVP)、pistillata(PI)、apetala3(AP3)、gnetum gnemon mads13(GGM13)、agamous-like gene 12(AGL12)、agamous-like gene 17(AGL17)、和squamosa/apetala 1(SQUA/AP1)亚家族。根据NCBI上已登录的小麦氨基酸序列鉴定出105个小麦MIKC型基因,按照ABCDE同源异型基因模型分类,其中A类基因(SQUA/AP1类亚家族)12个,B类基因(AP3、PI和GGM13亚家族)10个,C和D类基因(AG亚家族)各7个,E类基因(SEP/AGL2亚家族)28个,其余亚家族41个。以鉴定出的小麦MIKC型基因的全长转录子序列,对矮化、多雌蕊和雄性不育突变体(dwarf,multi-pistil and male sterility,dms)转录组测序数据进行本地BLAST分析,鉴定出46个MIKC型基因的Unigene序列。转录组表达谱聚类分析表明:A类基因(SQUA/AP1类亚家族)在小麦幼穗中的表达量高于茎尖中的表达量;与对照幼穗相比,突变体幼穗中有2个基因(Ta AP1-2和Ta SEP-5A)下调表达,有7个基因(Ta PI-1、Ta MADS82、Ta AG-2B、Ta SEP-2B、Tam7、Ta SEP-4和Ta MADS12)上调表达,这些基因可能与小麦花器官异常分化相关。本研究为进一步研究小麦MIKC型家族基因在小麦发育中的功能提供了信息。