【摘 要】
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为了进一步探究子房室数不稳定（子房无毛、3～5室、花柱3～5裂）茶组（section Thea）居群种质（UONG）的亲缘关系，明确居群内个体的变异是否引起了种间变异，以重庆、云南及其他部分省份87个山茶属茶组和非茶组植物（外类群对照）种质为材料，利用SLAF-seq技术进行简化基因组测序和分子标记分析。测序共获得2 804 071个SALF标签，平均测序深度为11.73×。通过SALF标签比对参
【基金项目】
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重庆市技术创新与应用发展专项面上项目（cstc2020jscx-msxm X0032）;重庆市技术创新与应用发展专项重点项目（cstc2021jscx-gksb X0016,cstc2020jscx-tpyzx X0009）； 国家自然科学基金项目（31800586）； 西南大学种质创制专项研究项目资助；
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为了进一步探究子房室数不稳定（子房无毛、3～5室、花柱3～5裂）茶组（section Thea）居群种质（UONG）的亲缘关系，明确居群内个体的变异是否引起了种间变异，以重庆、云南及其他部分省份87个山茶属茶组和非茶组植物（外类群对照）种质为材料，利用SLAF-seq技术进行简化基因组测序和分子标记分析。测序共获得2 804 071个SALF标签，平均测序深度为11.73×。通过SALF标签比对参考基因组，共获得25 069 219个群体SNP分子标记。基于高一致性SNP数据，系统发育树、遗传结构和PCA分析等方法均将调查种质分为3种类型，即云南等的茶组和非茶组种质（Ⅰ类）、重庆大茶树居群种质（Ⅱ类）和多个省份来源的茶系（常见栽培种和‘川小种’）种质（Ⅲ类）。Ⅰ类种质中茶组植物，包含了五室茶系、五柱茶系、秃房茶系和茶系种质。Ⅱ类种质由UONG和茶系种质（形态特征介于UONG与常见茶系种质之间）组成。此外，遗传分化系数FST表明，Ⅱ类种质与其他几类种质遗传分化程度最高（＞ 0.3），Ⅰ类与Ⅲ类种质之间也存在较高的遗传分化（＞ 0.2）。简化基因组测序分类结果和FST值表明，调查的UONG为一类相对独立种质，居群内个体的变异并未引起种间变异。因此，将该类种质归入到一个种下的处理较为合理。此外，在重庆地区存在一类与UONG遗传结构交叉的茶系种质，可能为自然远缘杂交后代。
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