新疆部分棉区发生连作障碍后与其他地区有所不同,能自发恢复并长期保持高产、稳产,为了查明该类棉田土壤细菌群落结构在连作障碍发生及自发恢复整个过程中的演替规律。以未开垦土地作为对照,利用16S rRNA-PCR-DGGE(polymerase chain reactiondensity gradient gel electrophoresis)法对比研究了新疆阿克苏棉区分别连作1、3、5、10、15和20a棉田1—30 cm深度土壤细菌群落结构组成。结果表明未开垦土地细菌多样性指数丰富度最高,多样性和均匀度指数最低。随着棉花连作年限的延长,土壤细菌群落丰富度指数不断下降,而多样性和均匀度指数逐渐增大。当连作年限继续延长至10a后各指数出现恢复或趋于达到一个新的相对稳定状态。聚类分析显示7个样品分别聚为3簇,其中连作3a的样品差异最大,相似度仅有44%,而连作10a后的样品和对照较为相似。主成分分析也有类似的结果。对比回收的部分序列显示,序列间相似性在88%以上,分属于Microbacterium、Uncultured Chloroflexi bacterium、TM7 Phylum sp.Canine、Flavobacteria等4个不同菌属。分析认为棉花长期连作对该地区土壤细菌群落结构组成影响很大,但随着连作年限延长至5a以后,细菌群落结构组成能自发趋于稳定和回升。此外,对比棉田细菌群落结构整体变化规律和棉花产量的增减及病虫害发生规律发现,在棉花长期连作过程中两者有很强的关联性。