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利用x^2分析方法，对6种古菌起始密码子上游和终止密码子下游各50位非编码区进行了分析。结果表明，Methanopyrus kandleri和Aeropyrum pernix中存在一个与大肠杆菌SD序列极为相似的高保守区（φ区）。但φ区的核苷酸并不能和其16S rRNA 3′端序列的反SD序列很好的配对；Pyrobaculum aerophilum缺乏φ区，但在其起始密码子上游20～30核苷酸处却存在另一个高度保守的区域，该区域在大肠杆菌和酵母中均缺乏；而其它3种古菌却同时存在这2个区域。6种古菌在终止密