【摘 要】
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我们研制了基于Gene Ontology与基因表达谱挖掘与实验条件相关的特征基因功能类的算法OntoFexed,它的特点是分别采用信息增益方法和Rand Index评价单个基因功能类与一组基因
【机 构】
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哈尔滨医科大学,哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司
【基金项目】
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国家自然科学基金，国家高技术研究发展计划(863计划)，国家高技术研究发展计划(863计划)，黑龙江省科技攻关项目，黑龙江省哈尔滨市科技攻关项目，黑龙江省自然科学基金，国家'211'工程建设项目
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我们研制了基于Gene Ontology与基因表达谱挖掘与实验条件相关的特征基因功能类的算法OntoFexed,它的特点是分别采用信息增益方法和Rand Index评价单个基因功能类与一组基因功能类鉴别差异表达基因与不差异表达基因的能力.算法的优点是充分利用了GO的结构信息来搜索特征功能类,并能给出各个抽象层次上的特征功能类.我们将OntoFexed应用于腺癌数据集和NCI60数据集,发现OntoFexed确能发掘与实验条件相关的功能类,且算法对主要的参数有较高的稳健性.
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